近年来，云南省大理白族自治州祥云县林业和草原局通过摸底调查，编制整合优化预案，多举措开展自然保护地整合优化工作，为构建科学合理的自然保护地体系，确保重要自然生态系统、自然遗迹、自然景观和生物多样性得到系统性保护奠定基础。
通过摸底调查，祥云县查清现有自然保护地资源、管理现状和存在的问题，决定采取评估论证、整合优化等方式解决现有自然保护地交叉重叠、保护空缺、历史遗留和现实矛盾冲突突出等问题。于2020年与云南省林业调查规划院大理分院共同开展自然保护地整合优化预案编制工作，整合优化现有自然保护地。
根据优化预案进行整合后，祥云县自然保护地由原来的三个整合优化为两个，自然保护地面积由原来的14684.57公顷，增加到23728.89公顷，整合后的自然保护地面积占国土面积的比例达9.75%。形成一个国家森林自然公园和一个国家风景自然公园。
其中，云南清华洞国家森林自然公园由祥云水目山州级自然保护区和云南清华洞国家森林公园优化整合而成。原保护地内林农交错，基本农田、耕地、人工集体商品林等历史遗留问题和矛盾较多。调整后减少了现有的历史遗留问题和现实矛盾冲突，特别对一些村庄、永久基本农田等严重矛盾冲突斑块进行调整，将极大缓解管理方面的压力。（贾孟刚 杨跃武）